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      質(zhì)粒提取濃度低的原因

      更新時(shí)間:2025-08-18點(diǎn)擊次數(shù):2140
       質(zhì)粒提取濃度低?6大核心原因+解決方案避坑指南的知識(shí)干貨,分享給每位同學(xué)~

      一、質(zhì)粒濃度低直接后果:實(shí)驗(yàn)全線崩潰!

      當(dāng)質(zhì)粒濃度<50 ng/μL時(shí):

      1. 轉(zhuǎn)化失敗率↑ 300%

      2. 測(cè)序信號(hào)弱(峰圖碎裂)

      3. 酶切/連接效率暴跌

      立即排查以下6大關(guān)鍵環(huán)節(jié)!

      二、質(zhì)粒濃度低的6大核心原因 + 破解方案

      原因1:菌體量不足(占比~35%

      錯(cuò)誤操作:
      ? OD???0.6 收菌 菌數(shù)太少
      ? 離心轉(zhuǎn)速<6000g → 菌體丟失

      解決方案:

      收菌標(biāo)準(zhǔn):OD???=0.8-1.0(對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期)

      離心參數(shù):≥ 12,000g × 2min(確保菌體沉淀緊密)

      自檢工具:菌泥體積應(yīng)達(dá) 1.5-2ml/L培養(yǎng)基(LB培養(yǎng)基)

      原因2:裂解不徹*(致命環(huán)節(jié)!)

      裂解失敗標(biāo)志:溶液粘稠拉絲(基因組DNA污染)

      高頻錯(cuò)誤:

      錯(cuò)誤操作

      正確方案

      裂解時(shí)間>5min

      ≤4min(強(qiáng)振蕩混勻60s

      未使用RNase A

      添加終濃度100μg/ml RNase

      裂解液溫度<20℃

      預(yù)熱至室溫(25℃

      原因3:結(jié)合/洗脫效率低(柱膜法專屬)

      硅膠柱關(guān)鍵參數(shù):

       

      問題環(huán)節(jié)

      優(yōu)化方案

      結(jié)合pH偏離

      加中和液后pH=7.0-7.5(試紙監(jiān)測(cè))

      膜堵塞

      離心前不過濾裂解液(避免雜質(zhì)堵膜)

      洗脫液未預(yù)熱

      60℃預(yù)熱的ddH?OEB緩沖液

      洗脫體積過大

      ≤50μl(分兩次洗脫合并)

      原因4:質(zhì)粒拷貝數(shù)低(質(zhì)粒自身問題)

      低拷貝質(zhì)粒示例:

      pBR32215-20 copies/cellVS pUC500-700 copies/cell

      破解策略:

      添加 拷貝數(shù)增強(qiáng)劑(如氯霉素用于pBR系列)

      更換 高拷貝載體(如pET-28a, pGEX

      原因5:試劑盒性能缺陷(省錢反誤事)

      劣質(zhì)試劑盒4大罪狀:

      硅膠膜載量<20μg(大提質(zhì)粒崩潰)

      溶菌酶活性不足(針對(duì)革蘭陽性菌)

      乙醇?xì)埩魧?dǎo)致酶失活

      內(nèi)毒素污染(影響轉(zhuǎn)染)

      選型黃金標(biāo)準(zhǔn):

      參數(shù)

      要求

      載量

      ≥50μg(中提)

      內(nèi)毒素

      0.1EU/μg

      洗脫濃度

      ≥150ng/μl(實(shí)測(cè)值)

      原因6:樣本儲(chǔ)存/操作失誤

      DNA降解:

      ? 反復(fù)凍融>3→ 濃度折半!

      ? -20℃儲(chǔ)存>6個(gè)月 斷裂成小片段

      拯救方案:

      分裝儲(chǔ)存于-80℃(可保存2年)

      溶解時(shí)用TE緩沖液(EDTA抑制DNase

      三、質(zhì)粒解決方案:全流程優(yōu)化表

      步驟

      操作標(biāo)準(zhǔn)

      質(zhì)控點(diǎn)

      培養(yǎng)

      37℃ 220rpm ×16h

      OD???=0.8-1.0

      裂解

      輕柔顛倒混勻×8

      溶液透明無粘稠

      中和

      冰浴5min

      pH試紙檢測(cè)7.0±0.5

      過柱

      離心≤10,000g ×1min

      液體穿透

      洗脫

      60℃預(yù)熱液靜置2min

      回收率>85%

      濃度自檢:A???/A???=1.8-2.0(純度合格)

      聯(lián)系方式

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